A história de Full Metal Alchemist mostra a alquimia, que é a ciência transcendental que estuda a transformação das coisas.
Assim como a magia, que pode fazer coisas aparecerem nos lugares mais absurdos, a alquimia segue a regra de que uma coisa pode ser feita de outra coisa.
Como assim?
Bem, os personagens de Full Metal Alchemist usam símbolos circulares, chamados “círculos de transmutação”, para criar e transformar coisas. Assim, eles podem tirar uma casa de um monte de pedras ou uma espada de uma pilha de metal.
Mas como tudo na vida, a alquimia possui uma série de regras que não podem ser quebradas, sendo a mais importante a de que tudo deve estar em perfeito equilíbrio. É aí que entram os irmãos Edward e Alphonse Elric que perderam sua mãe para uma rara doença e como estudantes de alquimia resolvem tentar trazê-la de volta. Eles se arriscam ao tentar fazer a transmutação humana, uma alquimia que jamais foi feita.
E a coisa não dá certo.
No acidente, Edward perde seu braço direito e sua perna esquerda, enquanto Alphonse perde sua vida. Ed pensa rapidamente e usando a alquimia transfere o espírito do irmão para uma armadura antiga e no lugar de seus membros, ele ganha partes mecânicas.
Mesmo com todos esses problemas os dois vão fazer de tudo para conseguir de volta o que perderam.
Ed e Al descobrem que uma misteriosa pedra pode ampliar seus poderes de alquimistas e começam uma jornada perigosa.