Jared teve uma infância conturbada. Sua mãe, Constance, se divorciou de seu pai quando Jared tinha apenas dois anos. Sua mãe casou-se novamente, desta vez com um italiano, do qual ele e seu irmão Shannon Leto adquiriram o sobrenome Leto; a partir daí passaram a mudar-se constantemente, chegando a morar no Colorado, Virginia, Wyoming, e até no Haiti. Seu pai logo se casou de novo e morreu em um acidente (boatos dizem que foi em um incêndio). Jared teve seu primeiro emprego aos 12 anos - era lavador de pratos - mas seu salário era de apenas £ 1.57. Foi também aos 12 anos que Jared comprou sua primeira guitarra, provavelmente não com o dinheiro de seu salário, entretanto, o primeiro instrumento que Jared aprendeu a tocar foi um velho piano quebrado quando ainda era criança.